Kol kas ryškiausias buvo 2001-2002 metų sezonas, kai "Lietuvos rytas" ne tik nugalėjo LKL finale Kauno "Žalgirio" krepšininkus, bet ir laimėjo NEBL varžybas, finale palaužęs Permės "Ural Great" klubą iš Rusijos.

Šalies čempionės titulą Vilniaus ekipa pirmą sykį pelnė 1999-2000 metų sezone, kai nuvertė nuo sosto iki tol nuolatinį Lietuvos čempioną "Žalgirį". Tą patį sezoną R.Saportos taurės pusfinalyje "Lietuvos rytas" metė iššūkį žemyno krepšinio milžinui Bolonijos "Kinder". Italijos superklubui duris į finalą atvėrė vos dviejų taškų persvara: Lietuvoje pralaimėjęs 60:70, "Kinder" namie atsirevanšavo 83:71. NEBL turnyre vilniečiams pavyko pasiekti finalą. Ten "Lietuvos rytas" nusileido Maskvos CSKA.

2000-2001 metų sezoną "Lietuvos rytas" pradėjo turėdamas du Olimpinių žaidynių bronzos medalių laimėtojus. Trečiąją vietą Sidnėjaus olimpiadoje užėmusios Lietuvos rinktinės sudėtyje buvo Vilniaus komandos lyderiai Ramūnas Šiškauskas ir Andrius Giedraitis. Komanda rungtyniavo Suprolygoje, deja, aštuntfinalyje 1-2 pralaimėjo Stambulo "Efes Pilsen".

2002-2003: Čempionų taurės Šiaurės konferencijoje užėmė 2-ąją vietą, finale nusileidęs Kazanės "Uniks" klubui iš Rusijos. Grupėje užėmęs pirmąją vietą (10 perg. 0 pral), "Lietuvos rytas" pateko į antrąjį etapą - Pan Europe. Ten liko antri B grupėje (3-3) ir į atkrintamąsias varžybas neiškopė.

2003-2004: ULEB taurės ketvirtfinalyje pralaimeta Jeruzalės "Hapoel" klubui. LKL finale 0:4 nusileista Kauno "Žalgirio" ekipai.

2004-ųjų vasarą Vilniaus klubas pasirašė sutartis su trimis Eurolygos duonos ragavusiais žaidėjais: latviu Robertu Štelmaheriu, amerikiečiu Fredericku House'u ir bosniu Hariu Mujezinovičiumi. Prie komandos vairo stojo labai patyręs treneris iš Serbijos Vlade Djurovičius. Tiesa, vėliau serbą pakeitė slovėnas Tomo Mahoričiaus, komandą papildę daug NBA patirties sukaupęs snaiperis Tyrone'as Nesby.

Būtent šis sezonas į klubo istoriją bus įrašytas auksinėmis raidėmis. Vilniečiai pirmą kartą klubo istorijoje iškovojo Europos turnyro trofėjų — laimėjo antrą pagal pajėgumą Senojo žemyno klubinį turnyrą — ULEB taurę. LKL finale vilniečiai vėl buvo priversti pripažinti Žalgirio pranašumą — 0:4.

2005-2006 metų sezone vilniečiai debiutavo ULEB Eurolygoje kur pasirodė sėkmingai - pasiekė TOP16 turnyrą bei laimėjo LKL ir BBL čempionatus.

2006-2007: BBL čempionai, ULEB taurės ir LKL lygų finalininkai.

Pasiekimai:
ULEB taurės čempionai 2005 metais
ULEB taurės finalininkai 2007 metais
BBL vicečempionai 2005 metais
LKL čempionai 2000, 2002, 2006 metais
NEBL čempionai 2002 metais
NEBL vicečempionai 2000 metais
LKL vicečempionai 1999, 2001, 2003-2005, 2007 metais
BBL čempionai 2006, 2007 metais

Europoje:
2000-2001: FIBA Suprolyga: 7 vieta A grupėje (7-11), ketvirtfinalyje nusileido Stambulo Efes Pilsen (Turkija) ekipai (1-2).
2001-2002: Saportos taurė: ketvirtfinalyje pralaimėjo Jeruzalės Hapoel ekipai.
2002-2003: FIBA čempionų taurė: pirma vieta grupėje (10-0), Šiaurės konferencijos finale pralaimėta Kazanės Unics ekipai. Pan-Europe B grupėje užėmė antrąją vietą (3-3) ir į atkrintamąsias varžybas nepateko.
2003-2004: ULEB taurė: 1 vieta F grupėje (8-2), aštuntfinalyje įveikė Sofijos Lukoil Academic, o ketvfirtfinalyje nusileido Jeruzalės Hapoel krepšininkams.
2004-2005: ULEB taurė: 1 vieta G grupėje (9-1), aštuntfinalyje įveikė Salonikų Aris, ketvirtfinalyje — Salonikų PAOK, pusfinalyje — Valensijos Pamesa, o finale — Kozanio Makedonikos.
2005-2006: ULEB Eurolyga: 3 vieta B grupėje (8-6), 3 vieta F grupėje (3-3)
2006-2007: ULEB taurės finale nusileido Madrido Real komandai.